* Đơn vị trực thuộc là 07 chi nhánh, 05 tổ âu cống trực thuộc:
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Nho Quan
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Gia Viễn
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Hoa Lư
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Yên Khánh
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Kim Sơn
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh huyện Yên Mô
+ Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh Ninh Bình - Chi nhánh Thành phố Tam Điệp
+ Tổ âu Sông Vân
+ Tổ âu Sông Mới
+ Tổ âu Kim Đài
+Tổ âu Cầu Hội
+ Tổ cống Hà Thanh